Balík: ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-4~0exp0simde) [debports]

Odkazy pre ngmlr

Zdroje Debian:

Hlásenia chýb

Stiahnuť zdrojový balík :

Nenájdený

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ngmlr

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6.1 (>= 2.36)

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

podporná knižnica GCC
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 11)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: libunwind8

nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť ngmlr

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
ia64 (neoficiálny port)	721.5 kB	1,631.0 kB	[zoznam súborov]