[ Zdroj: parsnp ]
Balík: parsnp (1.2+dfsg-5)
Odkazy pre parsnp
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík parsnp:
Správcovia:
Externé zdroje:
- Domovská stránka [harvest.readthedocs.org]
Podobné balíky:
rapid core genome multi-alignment
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom parsnp
|
|
|
|
-
- dep: fasttree
- phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
-
- dep: libc6 (>= 2.27)
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
-
- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [nie armhf]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- štandardná knižnica C++ GNU v3
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: phipack
- PHI test and other tests of recombination
-
- dep: python
- interaktívny vysokoúrovňový objektovo orientovaný jazyk (verzia python2)
-
- dep: python-numpy
- Numerical Python pridáva schopnosti rýchlych polí do jazyka Python
-
- rec: python-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 2)
Stiahnuť parsnp
| Architektúra | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|
| amd64 | 516.2 kB | 913.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 508.8 kB | 873.0 kB | [zoznam súborov] |
| armhf | 492.4 kB | 784.0 kB | [zoznam súborov] |
| i386 | 518.4 kB | 920.0 kB | [zoznam súborov] |