Balík: pilon (1.23+dfsg-1)

Odkazy pre pilon

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík pilon:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

automated genome assembly improvement and variant detection tool

Pilon is a software tool which can be used to:

 * Automatically improve draft assemblies
 * Find variation among strains, including large event detection

Pilon requires as input a FASTA file of the genome along with one or more BAM files of reads aligned to the input FASTA file. Pilon uses read alignment analysis to identify inconsistencies between the input genome and the evidence in the reads. It then attempts to make improvements to the input genome, including:

 * Single base differences
 * Small indels
 * Larger indel or block substitution events
 * Gap filling
 * Identification of local misassemblies, including optional opening
   of new gaps

Ostatné balíky súvisiace s balíkom pilon

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: default-jre

štandardné dynamické prostredie Java alebo kompatibilné s Javou

alebo java-runtime

virtuálny balík poskytovaný balíkom default-jre, openjdk-11-jre
dep: java-wrappers

wrappery spustiteľných súborov java
dep: libcommons-lang-java

Commons Lang - rozšírenie balíka java.lang
dep: libhtsjdk-java

Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats
dep: scala-library

Scala standard library

Stiahnuť pilon

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
all	411.3 kB	480.0 kB	[zoznam súborov]