Balík: stringtie (2.1.4+ds-4)

Odkazy pre stringtie

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík stringtie:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [ccb.jhu.edu]

Podobné balíky:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom stringtie

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.14)

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

podporná knižnica GCC
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: stringtie-examples

Balík nie je dostupný

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Stiahnuť stringtie

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	397.0 kB	1,018.0 kB	[zoznam súborov]