[ Zdroj: mira ]
Balík: mira-assembler (4.9.6-7 a iné)
Odkazy pre mira-assembler
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík mira:
Správcovia:
- Debian Med Packaging Team (Stránka QA, Konferencia)
- Steffen Moeller (Stránka QA)
- Andreas Tille (Stránka QA)
- Michael R. Crusoe (Stránka QA)
Externé zdroje:
- Domovská stránka [sourceforge.net]
Podobné balíky:
Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.
The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.
The package provides the following executables: Binaries provided:
* mira: for assembly of genome sequences * miramem: estimating memory needed to assemble projects. * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases. * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all kinds of data related to sequence assembly files.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom mira-assembler
|
|
|
|
-
- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)
- operácie so súborovým systémom (portabilné cesty, prechádzanie adresárov atď.) v C++
-
- dep: libboost-regex1.74.0-icu72
- virtuálny balík poskytovaný balíkom libboost-regex1.74.0
-
- dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)
- portabilný multi-threading pre C++
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
-
- dep: libexpat1 (>= 2.0.1)
- knižnica jazyka C na syntaktickú analýzu XML - dynamické knižnice
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- podporná knižnica GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- štandardná knižnica C++ GNU v3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
-
- rec: mira-rfam-12s-rrna
- extract of RFAM 12 rRNA database
-
- sug: mira-doc
- documentation for the mira assembler
Stiahnuť mira-assembler
| Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|---|
| arm64 | 4.9.6-7+b2 | 2,146.4 kB | 6,620.0 kB | [zoznam súborov] |