Balík: last-align (1447-1 a iné)

Odkazy pre last-align

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík last-align:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [gitlab.com]

Podobné balíky:

genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 10-mers). This allows one to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program

Ostatné balíky súvisiace s balíkom last-align

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.34)

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

podporná knižnica GCC
dep: libstdc++6 (>= 11)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

rec: parallel

príprava a paralelné spúšťanie príkazových riadkov zo štandardného vstupu
rec: python3-pil

Python Imaging Library - Python3

Stiahnuť last-align

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
arm64	1447-1+b1	722.5 kB	3,791.0 kB	[zoznam súborov]