Пакет: seer (1.1.4-8)

Ссылки для seer

Ресурсы Debian:

Исходный код seer:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Другие пакеты, относящиеся к seer

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libarmadillo14 (>= 1:14.0.1+dfsg)

streamlined C++ linear algebra library
dep: libblas3

реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

или libblas.so.3

виртуальный пакет, предоставляемый libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

program options library for C++
dep: libc6 (>= 2.38)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
dep: libhdf5-103-1t64

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libstdc++6 (>= 14)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: libtext-csv-perl

comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

sug: fsm-lite

frequency-based string mining (lite)

Загрузка seer

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	1 172,2 Кб	5 347,0 Кб	[список файлов]