Пакет: gbrowse (2.56+dfsg-12)

Ссылки для gbrowse

Ресурсы Debian:

Исходный код gbrowse:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [gmod.org]

Подобные пакеты:

GMOD Generic Genome Browser

Generic Genome Browser is a simple but highly configurable web-based genome browser. It is a component of the Generic Model Organism Systems Database project (GMOD). Some of its features:

 * Simultaneous bird's eye and detailed views of the genome;
 * Scroll, zoom, center;
 * Attach arbitrary URLs to any annotation;
 * Order and appearance of tracks are customizable by administrator and
   end-user;
 * Search by annotation ID, name, or comment;
 * Supports third party annotation using GFF formats;
 * Settings persist across sessions;
 * DNA and GFF dumps;
 * Connectivity to different databases, including BioSQL and Chado;
 * Multi-language support;
 * Third-party feature loading;
 * Customizable plug-in architecture (e.g. run BLAST, dump & import many
   formats, find oligonucleotides, design primers, create restriction maps,
   edit features).

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::perl, interface::web, Роль: Программа, Цель: Анализ, use::viewing, web::application, World Wide Web: CGI

Другие пакеты, относящиеся к gbrowse

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: apache2

HTTP-сервер Apache

или httpd-cgi

виртуальный пакет, предоставляемый apache2, lighttpd, merecat, mini-httpd, nginx, tntnet, yaws
dep: bioperl

Perl tools for computational molecular biology
dep: libbio-coordinate-perl

BioPerl modules for working with biological coordinates
dep: libbio-db-seqfeature-perl

Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store
dep: libbio-graphics-perl

Generate GD images of Bio::Seq objects
dep: libcgi-session-perl

постоянные данные о сессиях в CGI-программах
dep: libdbd-sqlite3-perl

Perl DBI driver with a self-contained RDBMS
dep: libgd-gd2-noxpm-perl

виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl

или libgd-gd2-perl

виртуальный пакет, предоставляемый libgd-perl
dep: libhttp-daemon-perl

simple http server class
dep: libio-string-perl

Emulate IO::File interface for in-core strings
dep: libjs-prototype

JavaScript Framework for dynamic web applications
dep: libjs-scriptaculous

JavaScript library for dynamic web applications
dep: libjson-perl

module for manipulating JSON-formatted data
dep: libstatistics-descriptive-perl

Perl module for basic descriptive statistical functions
dep: libterm-readkey-perl

модуль Perl для простого управления терминалом
dep: libvm-ec2-perl

module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus
dep: libwww-perl

простой и надёжный интерфейс для Всемирной паутины
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: sqlite3

интерфейс командной строки к SQLite 3

rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

HTTP-сервер Apache

или httpd

виртуальный пакет, предоставляемый apache2, lighttpd, merecat, micro-httpd, mini-httpd, nginx, tntnet, webfs, yaws

sug: gbrowse-calign

CAlign helper
sug: gbrowse-data

Sample data to use GBrowse
sug: libfile-nfslock-perl

perl module to do NFS (or not) locking

Загрузка gbrowse

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
all	2 317,7 Кб	7 017,0 Кб	[список файлов]