Пакет: yaha (0.1.83-3 и другие)

Ссылки для yaha

Ресурсы Debian:

Исходный код yaha:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

find split-read mappings on single-end queries

yaha is an open source, flexible, sensitive and accurate DNA aligner designed for single-end reads. It supports three major modes of operation:

 * The default “Optimal Query Coverage” (-OQC) mode reports the
   best set of alignments that cover the length of each query.
 * Using “Filter By Similarity” (-FBS), along with the best set of
   alignments, yaha will also output alignments that are highly similar
   to an alignment in the best set.
 * Finally, yaha can output all the alignments found for each query.

The -OQC and -FBS modes are specifically tuned to form split read mappings that can be used to accurately identify structural variation events (deletions, duplications, insertions or inversions) between the subject query and the reference genome.

Другие пакеты, относящиеся к yaha

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.4) [не alpha, arm64, hppa, ia64, ppc64el, riscv64, sh4, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

вспомогательная библиотека GCC

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

вспомогательная библиотека GCC

Загрузка yaha

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.1.83-3	50,2 Кб	137,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.1.83-3	43,0 Кб	109,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.1.83-3	39,8 Кб	101,0 Кб	[список файлов]
armel	0.1.83-3	36,1 Кб	92,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.1.83-3	36,2 Кб	72,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.1.83-3	43,8 Кб	109,0 Кб	[список файлов]
i386	0.1.83-3	46,2 Кб	116,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.1.83-3	58,0 Кб	196,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.1.83-3	38,8 Кб	104,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.1.83-3	46,3 Кб	129,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.1.83-3	48,7 Кб	145,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.1.83-3	48,7 Кб	145,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.1.83-3+b1	44,3 Кб	94,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.1.83-3	41,5 Кб	113,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.1.83-3	45,0 Кб	93,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.1.83-3	38,1 Кб	107,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.1.83-3	42,6 Кб	104,0 Кб	[список файлов]