Пакет: prime-phylo (1.0.11-12)

Ссылки для prime-phylo

Ресурсы Debian:

Исходный код prime-phylo:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [prime.sbc.su.se]

Подобные пакеты:

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Другие пакеты, относящиеся к prime-phylo

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libblas3

реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

или libblas.so.3

виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libboost-mpi1.83.0 (>= 1.83.0)

C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

serialization library for C++
dep: libc6 (>= 2.38)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.5)

вспомогательная библиотека GCC
dep: liblapack3

библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

или liblapack.so.3

виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

high performance message passing library -- shared library
dep: libstdc++6 (>= 14)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: libxml2 (>= 2.7.4)

библиотека для работы с XML (GNOME)
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

sug: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
sug: mrbayes

Bayesian Inference of Phylogeny
sug: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
sug: njplot

phylogenetic tree drawing program
sug: phyml

Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
sug: probalign

multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics
sug: raxml

синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия
sug: treeviewx

Displays and prints phylogenetic trees

Загрузка prime-phylo

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
riscv64	804,3 Кб	2 590,0 Кб	[список файлов]