Пакет: r-bioc-variantannotation (1.52.0-1)

Ссылки для r-bioc-variantannotation

Ресурсы Debian:

Исходный код r-bioc-variantannotation:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [bioconductor.org]

Подобные пакеты:

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

BioConductor annotation of genetic variants

This BioConductor package provides R functions to annotate variants, compute amino acid coding changess and to predict coding outcomes.

Другие пакеты, относящиеся к r-bioc-variantannotation

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libbz2-1.0

библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)
dep: libc6 (>= 2.34)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libcurl4t64 (>= 7.18.0)

простая в использовании клиентская библиотека для передачи URL (вариант с OpenSSL)
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20120614)

библиотека для работы с архивами в формате XZ
dep: r-api-4.0

Пакет недоступен
dep: r-api-bioc-3.20

виртуальный пакет, предоставляемый r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.27.9)

GNU R Annotation Database Interface for BioConductor
dep: r-bioc-biobase

base functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.57.2)

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.47.3)

BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.31.3)

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.41.5)

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9)

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-bioc-matrixgenerics

S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects
dep: r-bioc-rhtslib (>= 2.99.0)

HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package
dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.19.1)

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import
dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.19.5)

BioConductor assay container
dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

BioConductor representation and manpulation of external sequences
dep: r-bioc-zlibbioc

(Virtual) zlibbioc Bioconductor package
dep: r-cran-dbi

GNU R package providing a generic database interface
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

библиотека сжатия

sug: r-bioc-annotationhub

GNU R client to access AnnotationHub resources
sug: r-bioc-biocstyle

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-snpstats

BioConductor SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods
sug: r-cran-ggplot2

implementation of the Grammar of Graphics
sug: r-cran-httr

GNU R tools for working with URLs and HTTP
sug: r-cran-jsonlite

Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-magick

advanced graphics and image-processing in GNU R
sug: r-cran-runit

GNU R package providing unit testing framework

Загрузка r-bioc-variantannotation

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
arm64	3 448,4 Кб	6 820,0 Кб	[список файлов]