Пакет: trnascan-se (2.0.7+ds-1) [non-free]

Ссылки для trnascan-se

Ресурсы Debian:

Исходный код trnascan-se:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [lowelab.ucsc.edu]

Подобные пакеты:

detection of transfer RNA genes in genomic sequence

tRNAscan-SE identifies 99-100% of transfer RNA genes in DNA sequence while giving less than one false positive per 15 gigabases. Two previously described tRNA detection programs are used as fast, first-pass prefilters to identify candidate tRNAs, which are then analyzed by a highly selective tRNA covariance model. This work represents a practical application of RNA covariance models, which are general, probabilistic secondary structure profiles based on stochastic context-free grammars. tRNAscan-SE searches at ~ 30 000 bp/s. Additional extensions to tRNAscan-SE detect unusual tRNA homologues such as selenocysteine tRNAs, tRNA-derived repetitive elements and tRNA pseudogenes.

Другие пакеты, относящиеся к trnascan-se

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: infernal

inference of RNA secondary structural alignments
dep: libc6 (>= 2.29)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов
dep: trnascan-se-common (= 2.0.7+ds-1)

detection of transfer RNA genes in genomic sequence (common files)

Загрузка trnascan-se

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	154,5 Кб	719,0 Кб	[список файлов]
i386	155,3 Кб	752,0 Кб	[список файлов]