Пакет: jellyfish (2.3.0-15 и другие)

Ссылки для jellyfish

Ресурсы Debian:

Исходный код jellyfish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Другие пакеты, относящиеся к jellyfish

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-15+b3)

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
dep: libstdc++6 (>= 11)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка jellyfish

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
ppc64el	2.3.0-15+b3	734,9 Кб	2 955,0 Кб	[список файлов]