Pacote: kraken (1.1.1-4 e outros)
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Pacotes similares:
assigning taxonomic labels to short DNA sequences
Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have often used sequence alignment or machine learning techniques that were quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel classification algorithm.
In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high precision.
Outros pacotes relacionados a kraken
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- dep: jellyfish1
- count k-mers in DNA sequences
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- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]
- dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, m68k, sh4]
- dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]
- dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]
- GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não hppa, ia64, m68k, sh4]
- Biblioteca de suporte GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- Biblioteca de suporte GCC
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- Pacote não disponível
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Pacote não disponível
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]
- biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)
- dep: libgomp1 (>= 6) [não m68k, sh4]
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [loong64, riscv64]
- Biblioteca C++ padrão da GNU v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [não arm64, loong64, riscv64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução
Download de kraken
| Arquitetura | Versão | Tamanho do pacote | Tamanho instalado | Arquivos |
|---|---|---|---|---|
| alpha (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 736.2 kB | 1,773.0 kB | [lista de arquivos] |
| amd64 | 1.1.1-4 | 734.8 kB | 1,531.0 kB | [lista de arquivos] |
| arm64 | 1.1.1-4+b1 | 729.5 kB | 1,708.0 kB | [lista de arquivos] |
| hppa (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 739.1 kB | 1,530.0 kB | [lista de arquivos] |
| ia64 (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 749.9 kB | 1,700.0 kB | [lista de arquivos] |
| loong64 (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 730.2 kB | 1,533.0 kB | [lista de arquivos] |
| m68k (porte não oficial) | 0.10.5~beta-4 | 721.8 kB | 1,440.0 kB | [lista de arquivos] |
| mips64el | 1.1.1-4 | 736.3 kB | 1,789.0 kB | [lista de arquivos] |
| ppc64 (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 736.9 kB | 1,771.0 kB | [lista de arquivos] |
| ppc64el | 1.1.1-4 | 735.8 kB | 1,771.0 kB | [lista de arquivos] |
| riscv64 | 1.1.1-4+b1 | 734.2 kB | 1,460.0 kB | [lista de arquivos] |
| sh4 (porte não oficial) | 0.10.5~beta-4 | 729.3 kB | 1,416.0 kB | [lista de arquivos] |
| sparc64 (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 728.4 kB | 7,416.0 kB | [lista de arquivos] |
| x32 (porte não oficial) | 1.1.1-4 | 734.8 kB | 1,497.0 kB | [lista de arquivos] |