Pakiet: idba (1.1.3-8 i inne)

Odnośniki dla idba

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego idba:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

iterative De Bruijn Graph short read assemblers

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

Inne pakiety związane z idba

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 11) [nie riscv64]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie idba

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.1.3-8	637,0 KiB	4 571,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.1.3-8	627,6 KiB	4 037,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.1.3-8	585,5 KiB	3 797,0 KiB	[lista plików]
armel	1.1.3-8	565,6 KiB	3 793,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.1.3-8	575,0 KiB	3 089,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.1.3-8	657,6 KiB	4 317,0 KiB	[lista plików]
i386	1.1.3-8	672,0 KiB	4 261,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.1.3-8	718,5 KiB	6 920,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.1.3-8	644,8 KiB	4 896,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.1.3-8	642,1 KiB	4 821,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.1.3-8	652,4 KiB	4 757,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.1.3-8+b1	635,5 KiB	3 458,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.1.3-8	599,5 KiB	4 293,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.1.3-8	563,9 KiB	5 733,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.1.3-8	623,6 KiB	3 837,0 KiB	[lista plików]