Pakiet: prank (0.0.170427+dfsg-3 i inne)

Odnośniki dla prank

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego prank:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [wasabiapp.org]

Podobne pakiety:

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

PRANK is a probabilistic multiple alignment program for DNA, codon and amino-acid sequences. It's based on a novel algorithm that treats insertions correctly and avoids over-estimation of the number of deletion events. In addition, PRANK borrows ideas from maximum likelihood methods used in phylogenetics and correctly takes into account the evolutionary distances between sequences. Lastly, PRANK allows for defining a potential structure for sequences to be aligned and then, simultaneously with the alignment, predicts the locations of structural units in the sequences.

PRANK is a command-line program for UNIX-style environments but the same sequence alignment engine is implemented in the graphical program PRANKSTER. In addition to providing a user-friendly interface to those not familiar with Unix systems, PRANKSTER is an alignment browser for alignments saved in the HSAML format. The novel format allows for storing all the information generated by the aligner and the alignment browser is a convenient way to analyse and manipulate the data.

PRANK aims at an evolutionarily correct sequence alignment and often the result looks different from ones generated with other alignment methods. There are, however, cases where the different look is caused by violations of the method's assumptions. To understand why things may go wrong and how to avoid that, read this explanation of differences between PRANK and traditional progressive alignment methods.

Inne pakiety związane z prank

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

dep: libstdc++6 (>= 9) [nie arm64, armel, armhf, riscv64]
dep: libunwind8 [ia64]

Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

enh: t-coffee

Wielosekwencyjne wyrównanie

Pobieranie prank

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	357,3 KiB	1 481,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.0.170427+dfsg-3	386,0 KiB	1 180,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.0.170427+dfsg-3+b1	326,1 KiB	1 129,0 KiB	[lista plików]
armel	0.0.170427+dfsg-3	328,1 KiB	1 091,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.0.170427+dfsg-3	333,8 KiB	779,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	372,5 KiB	1 200,0 KiB	[lista plików]
i386	0.0.170427+dfsg-3	395,6 KiB	1 303,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	454,4 KiB	2 721,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	371,7 KiB	1 351,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.0.170427+dfsg-3	309,6 KiB	1 335,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	342,6 KiB	1 384,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.0.170427+dfsg-3	349,3 KiB	1 320,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.0.170427+dfsg-3+b1	373,2 KiB	885,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.0.170427+dfsg-3	336,6 KiB	1 188,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	459,6 KiB	1 100,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	306,1 KiB	1 164,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.0.170427+dfsg-3	386,7 KiB	1 151,0 KiB	[lista plików]