Pakiet: ariba (2.14.6+ds-2 i inne) [debports]
Odnośniki dla ariba
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [github.com]
Podobne pakiety:
Antibiotic Resistance Identification By Assembly
ARIBA is a tool that identifies antibiotic resistance genes by running local assemblies. The input is a FASTA file of reference genes and paired sequencing reads. ARIBA reports which of the reference genes were found, plus detailed information on the quality of the assemblies and any variants between the sequencing reads and the reference genes.
Inne pakiety związane z ariba
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2 (>= 2.1.0)
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- Pakiet programów przeznaczonych do szybkiego grupowania sekwencji
-
- dep: fastaq (>= 3.12.0)
- Narzędzia do obsługi plików FASTA i FASTQ
-
- dep: libc6 (>= 2.4)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libfml0 (>= 0.1-4~)
- library for assembling Illumina short reads in small regions
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libminimap0 (>= 0.2)
- library for approximate mapping of long biosequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: mash
- fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
-
- dep: mummer
- Efficient sequence alignment of full genomes
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
- dep: python3 (<< 3.11)
- dep: python3 (>= 3.9~)
-
- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-bs4
- error-tolerant HTML parser for Python 3
-
- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
-
- dep: python3-matplotlib
- System do rysowania wykresów oparty na Pythonie w stylu podobnym do Matlaba
-
- dep: python3-pymummer (>= 0.10.2)
- Python 3 interface to MUMmer
-
- dep: python3-pysam (>= 0.9.1)
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-tk
- Tkinter - Writing Tk applications with Python 3.x
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- sug: spades
- genome assembler for single-cell and isolates data sets
Pobieranie ariba
| Architektura | Wersja | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|---|
| m68k (port nieoficjalny) | 2.14.6+ds-2+b1 | 1 910,0 KiB | 20 567,0 KiB | [lista plików] |