Pakiet: stacks (2.68+dfsg-1) [debports]
Odnośniki dla stacks
Zasoby systemu Debian:
Pobieranie pakietu źródłowego :
Nie znalezionoOpiekunowie:
Zasoby zewnętrzne:
- Strona internetowa [creskolab.uoregon.edu]
Podobne pakiety:
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.
Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>
Inne pakiety związane z stacks
|
|
|
|
-
- dep: bsdextrautils
- Dodatkowe narzędzia z 4.4BSD-Lite
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
-
- dep: libdbi-perl
- Interfejs bazodanowy Perl (DBI)
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)
- Biblioteka wspomagająca GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
-
- dep: python3
- Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
-
- dep: samtools
- Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze
-
- rec: libspreadsheet-writeexcel-perl
- module to create Excel spreadsheets
-
- rec: littler
- GNU R scripting and command-line front-end -- transition package
również pakiet wirtualny udostępniany przez r-cran-littler
-
- sug: gdb
- GNU Debugger
również pakiet wirtualny udostępniany przez gdb-minimal
Pobieranie stacks
| Architektura | Rozmiar pakietu | Rozmiar po instalacji | Pliki |
|---|---|---|---|
| hppa (port nieoficjalny) | 1 082,3 KiB | 5 474,0 KiB | [lista plików] |