Pakiet: genomicsdb-tools (1.5.0-2 i inne)

Odnośniki dla genomicsdb-tools

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego genomicsdb:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.genomicsdb.org]

Podobne pakiety:

sparse array storage library for genomics (tools)

GenomicsDB is built on top of a htslib fork and an internal array storage system for importing, querying and transforming variant data. Variant data is sparse by nature (sparse relative to the whole genome) and using sparse array data stores is a perfect fit for storing such data.

The GenomicsDB stores variant data in a 2D array where:

 - Each column corresponds to a genomic position (chromosome + position);
 - Each row corresponds to a sample in a VCF (or CallSet in the GA4GH
   terminology);
 - Each cell contains data for a given sample/CallSet at a given position;
   data is stored in the form of cell attributes;
 - Cells are stored in column major order - this makes accessing cells with
   the same column index (i.e. data for a given genomic position over all
   samples) fast.
 - Variant interval/gVCF interval data is stored in a cell at the start of the
   interval. The END is stored as a cell attribute. For variant intervals
   (such as deletions and gVCF REF blocks), an additional cell is stored at
   the END value of the variant interval. When queried for a given genomic
   position, the query library performs an efficient sweep to determine all
   intervals that intersect with the queried position.

This package contains some tools to be run as executable files.

Inne pakiety związane z genomicsdb-tools

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, sh4]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
dep: libfmt9 (>= 9.1.0+ds1)

fast type-safe C++ formatting library -- library
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [mips64el]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libgenomicsdb0 (= 1.5.0-2+b1)

sparse array storage library for genomics (shared libraries)
dep: libgomp1 (>= 4.9)

Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)
dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

high performance message passing library -- shared library
dep: libprotobuf23 (>= 3.12.4) [alpha]

protocol buffers C++ library
dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12) [nie alpha]

protocol buffers C++ library
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libuuid1 (>= 2.16)

Biblioteka uniwersalnych, unikalnych identyfikatorów (UUID)

Pobieranie genomicsdb-tools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.5.0-2+b1	1 570,8 KiB	14 650,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.5.0-2+b1	1 617,1 KiB	12 761,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.5.0-2+b1	1 536,4 KiB	12 086,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.5.0-2+b1	1 488,9 KiB	18 305,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.5.0-2+b1	1 673,2 KiB	11 867,0 KiB	[lista plików]