Pakiet: augustus (3.3.2+dfsg-2)

Odnośniki dla augustus

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego augustus:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [bioinf.uni-greifswald.de]

Podobne pakiety:

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Nauka: science::calculation, scope::utility, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z augustus

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: augustus-data

data files for AUGUSTUS
dep: libbamtools2.5.1

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libbz2-1.0

Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa
dep: libc6 (>= 2.15)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)

easy-to-use client-side URL transfer library (NSS flavour)
dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libhts2 (>= 1.0)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

Biblioteka do kompresji w formacie XZ
dep: libncurses6 (>= 6)

Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala
dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)

Zestaw narzędzi Secure Sockets Layer - biblioteki współdzielone
dep: libstdc++6 (>= 6)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: libtinfo6 (>= 6)

Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie augustus

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 134,7 KiB	4 787,0 KiB	[lista plików]