Pakiet: packmol (20.010-1)

Odnośniki dla packmol

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego packmol:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [m3g.iqm.unicamp.br]

Podobne pakiety:

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations

Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations by packing optimization.

Packmol creates an initial point for molecular dynamics simulations by packing molecules in defined regions of space. The packing guarantees that short range repulsive interactions do not disrupt the simulations.

The great variety of types of spatial constraints that can be attributed to the molecules, or atoms within the molecules, makes it easy to create ordered systems, such as lamellar, spherical or tubular lipid layers.

The user must provide only the coordinates of one molecule of each type, the number of molecules of each type and the spatial constraints that each type of molecule must satisfy.

The package is compatible with input files of PDB, TINKER, XYZ and MOLDY formats.

See http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol for more information.

References

Please always cite one of the following references in publications for which Packmol was useful:

L Martinez, R Andrade, EG Birgin, JM Martinez, Packmol: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations. Journal of Computational Chemistry, 30, 2157-2164, 2009. (http://www3.interscience.wiley.com/journal/122210103/abstract)

JM Martinez, L Martinez, Packing optimization for the automated generation of complex system's initial configurations for molecular dynamics and docking. Journal of Computational Chemistry, 24, 819-825, 2003. (http://www3.interscience.wiley.com/journal/104086246/abstract)

Inne pakiety związane z packmol

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

Pakiet niedostępny
dep: libgfortran5 (>= 8)

Runtime library for GNU Fortran applications

rec: tcl

Tool Command Language (wersja domyślna) - powłoka

Pobieranie packmol

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	106,3 KiB	420,0 KiB	[lista plików]
arm64	94,0 KiB	364,0 KiB	[lista plików]
armel	105,4 KiB	416,0 KiB	[lista plików]
armhf	101,2 KiB	324,0 KiB	[lista plików]
i386	101,9 KiB	439,0 KiB	[lista plików]
mips64el	95,5 KiB	408,0 KiB	[lista plików]
mipsel	98,0 KiB	410,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	101,8 KiB	404,0 KiB	[lista plików]
s390x	94,9 KiB	404,0 KiB	[lista plików]