Pakiet: hisat2 (2.2.1-2 i inne)

Odnośniki dla hisat2

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego hisat2:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [daehwankimlab.github.io]

Podobne pakiety:

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

Inne pakiety związane z hisat2

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, i386, mipsel]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libstdc++6 (>= 9)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: perl

praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: bcftools

Wywoływanie wariantów genomowych oraz zarządzanie plikami VCF i BCF
rec: python3-hisat2

Python scripts accompanying hisat2
rec: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Pobieranie hisat2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2.2.1-2+b3	3 567,0 KiB	14 122,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.2.1-2+b3	3 377,4 KiB	12 742,0 KiB	[lista plików]
armel	2.2.1-2+b3	3 282,8 KiB	12 932,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.2.1-2+b3	3 252,9 KiB	11 466,0 KiB	[lista plików]
i386	2.2.1-2+b3	3 453,8 KiB	14 658,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.2.1-2+b3	3 400,5 KiB	13 934,0 KiB	[lista plików]
mipsel	2.2.1-2+b3	3 560,9 KiB	14 227,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.2.1-2+b3	3 547,7 KiB	13 802,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.2.1-2+b3	3 142,9 KiB	13 400,0 KiB	[lista plików]