Pakiet: augustus (3.4.0+dfsg2-2)

Odnośniki dla augustus

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego augustus:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [bioinf.uni-greifswald.de]

Podobne pakiety:

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Nauka: science::calculation, scope::utility, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z augustus

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: augustus-data

data files for AUGUSTUS
dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

Biblioteka Boost.Iostreams
dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)

column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgsl25 (>= 2.6)

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libhts3 (>= 1.10)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

MariaDB database client library
dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~)

MySQL C++ library bindings (runtime)
dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

Biblioteka współdzielona SQLite 3
dep: libstdc++6 (>= 6) [armel, armhf]

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

dep: libstdc++6 (>= 9) [nie armel, armhf]

rec: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

sug: cdbfasta

Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files
sug: diamond-aligner

accelerated BLAST compatible local sequence aligner
sug: libdbd-mysql-perl

Perl5 database interface to the MariaDB/MySQL database
sug: libfile-which-perl

Perl module for searching paths for executable programs
sug: libparallel-forkmanager-perl

simple parallel processing fork manager for Perl
sug: libyaml-perl

YAML Ain't Markup Language
sug: python3-biopython

Python3 library for bioinformatics

Pobieranie augustus

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 906,1 KiB	10 146,0 KiB	[lista plików]
arm64	1 639,6 KiB	9 303,0 KiB	[lista plików]
armel	1 597,0 KiB	9 404,0 KiB	[lista plików]
armhf	1 547,8 KiB	6 753,0 KiB	[lista plików]
i386	1 957,2 KiB	10 832,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1 716,9 KiB	12 806,0 KiB	[lista plików]
mipsel	1 724,4 KiB	11 998,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1 834,8 KiB	12 474,0 KiB	[lista plików]
s390x	1 667,3 KiB	10 535,0 KiB	[lista plików]