Pakiet: ncbi-epcr (2.3.12-1-9)

Odnośniki dla ncbi-epcr

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego epcr:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.ncbi.nlm.nih.gov]

Podobne pakiety:

Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites

Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.

The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontiguous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.

The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.

This program is retired upstream and it is suggested to use Primer-Blast

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

instead.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c++, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::checking, use::searching, Obsługa formatu: Czysty tekst, Działa z: Wymaga dodatkowego znacznika

Inne pakiety związane z ncbi-epcr

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.4) [nie amd64, arm64, ppc64el]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, s390x]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [nie amd64, armel, armhf, s390x]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

sug: bioperl

Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

Pobieranie ncbi-epcr

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	164,4 KiB	496,0 KiB	[lista plików]
arm64	153,9 KiB	460,0 KiB	[lista plików]
armel	143,5 KiB	416,0 KiB	[lista plików]
armhf	144,3 KiB	332,0 KiB	[lista plików]
i386	172,0 KiB	512,0 KiB	[lista plików]
mips64el	162,7 KiB	594,0 KiB	[lista plików]
mipsel	160,7 KiB	542,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	167,9 KiB	692,0 KiB	[lista plików]
s390x	153,5 KiB	496,0 KiB	[lista plików]