Pakiet: t-coffee (13.41.0.28bdc39+dfsg-4)

Odnośniki dla t-coffee

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego t-coffee:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.tcoffee.org]

Podobne pakiety:

Wielosekwencyjne wyrównanie

T-Coffee jest pakietem do wielosekwencyjnego wyrównania. Generuje wiele sekwencji wyrównania z zestawu sekwencji białka lub DNA.

T-Coffee pozwala na kombinację zbiorów złożonych z wielu par, globalne lub lokalne wyrównania w pojedynczym modelu. Umożliwia także oszacowywanie poziomu spójności każdej pozycji w nowym wyrównaniu z resztą wyrównań. Aby uzyskać więcej informacji, należy zapoznać się z przedrukami dokumentacji.

T-Coffee zawiera specjalny dodatek o nazwie M-Coffee, który umożliwia połączenie danych wyjściowych z wielu pakietów wielosekwencyjnych wyrównań. W opublikowanej wersji używa: MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA i T-Coffee. Specjalna wersja stworzona do Debiana, DM-Coffee, korzysta tylko z wolnego oprogramowania, zastępując Clustal W przez Kalign. Korzystanie z tych 8 metod z M-Coffee może być nieco trudne. Można również używać ulubionego podzbioru metod.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Rola: Program, Zakres: Narzędzie, Przeznaczenie: use::analysing, use::comparing, Obsługa formatu: Wymaga dodatkowego znacznika, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Inne pakiety związane z t-coffee

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libstdc++6 (>= 4.3.0)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

rec: amap-align

Wielokrotne wyrównywanie białek poprzez sekwencyjne wyżarzanie
rec: clustalo

General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
rec: clustalw

global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
rec: dialign-tx

Segment-based multiple sequence alignment
rec: fsa

Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
rec: kalign

Globalne i progresywne dopasowywanie wielu sekwencji
rec: libsoap-lite-perl

Perl implementation of a SOAP client and server
rec: libxml-simple-perl

Perl module for reading and writing XML
rec: mafft

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
rec: muscle

Multiple alignment program of protein sequences
rec: mustang

Wielokrotne strukturalne dopasowanie białek
rec: ncbi-blast+

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: poa

Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
rec: prank

Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
rec: probcons

PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
rec: proda

Wielokrotne wyrównywanie sekwencji białkowych
rec: tm-align

Strukturalne dopasowywanie białek

sug: boxshade

Pretty-printing of multiple sequence alignments
sug: seaview

Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny
sug: t-coffee-examples

Przykłady z komentarzami dotyczące użycia T-Coffee

Pobieranie t-coffee

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
armel	829,9 KiB	2 504,0 KiB	[lista plików]