Pakiet: python3-pairix (0.3.7-6 i inne)

Odnośniki dla python3-pairix

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego python-pairix:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates

Pairix is a tool for indexing and querying on a block-compressed text file containing pairs of genomic coordinates.

Pairix is a stand-alone C program that was written on top of tabix as a tool for the 4DN-standard pairs file format describing Hi-C data: pairs_format_specification.md

However, Pairix can be used as a generic tool for indexing and querying any bgzipped text file containing genomic coordinates, for either 2D- or 1D- indexing and querying.

For example: given the custom text file below, you want to extract specific lines from the Pairs file further below. An awk command would read the Pairs file from beginning to end. Pairix creates an index and uses it to access the file from a relevant position by taking advantage of bgzf compression, allowing for a fast query on large files.

Inne pakiety związane z python3-pairix

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: python3 (<< 3.12)

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (>= 3.11~)

Pobieranie python3-pairix

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	0.3.7-6+b1	40,4 KiB	116,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3.7-6+b1	37,6 KiB	156,0 KiB	[lista plików]
armel	0.3.7-6+b1	35,6 KiB	102,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.3.7-6+b1	34,6 KiB	86,0 KiB	[lista plików]
i386	0.3.7-6+b1	44,0 KiB	122,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.3.7-6+b1	36,8 KiB	162,0 KiB	[lista plików]
mipsel	0.3.7-6+b1	38,0 KiB	160,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3.7-6+b1	46,8 KiB	156,0 KiB	[lista plików]