[ ソース: tnseq-transit ]
パッケージ: tnseq-transit (3.3.4-1 など)
tnseq-transit に関するリンク
Debian の資源:
tnseq-transit ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [saclab.tamu.edu]
類似のパッケージ:
統計的な遺伝子もしくはゲノム領域の必須性計算
Tn-Seq データセットの解析用のソフトウェアです。遺伝子およびゲノム領域の必須性の 様々な統計計算手法 (2条件間の条件付必須性を含む) を含みます。これらの手法は Sassetti lab (UMass) と Ioerger lab (Texas A&M) のコラボレーションにより 開発および検証されています。
TRANSIT は Himar1 または Tn5 データセットから構築された TnSeq ライブラリを 解析することができます。
TRANSIT はローシークエンスファイル (.fastq) の前処理が済んでおり、 リードカウントが .wig フォーマットのファイルに抽出されていることを想定 しています。.wig ファイルには挿入が起こりうる (リードがないサイトを含む) 全てのサイトのカウントが含まれていることが要求されます。Himar1 データセット の場合、これはゲノム内の全 TA サイトです。Tn5 データセットの場合、 これはゲノム中ノ全ヌクレオチドになるでしょう。
その他の tnseq-transit 関連パッケージ
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- dep: bwa [ia64, sparc64 以外]
- Burrows-Wheeler Aligner
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- dep: python [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python-matplotlib [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python-numpy [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python-pillow [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python-pkg-resources [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python-scipy [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python-wxgtk3.0 [ia64, sparc64]
- パッケージは利用できません
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- dep: python3 [ia64, sparc64 以外]
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
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- dep: python3-matplotlib [ia64, sparc64 以外]
- Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
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- dep: python3-numpy [ia64, sparc64 以外]
- Fast array facility to the Python language (Python 3)
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- dep: python3-pil [ia64, sparc64 以外]
- Python Imaging Library (Python3)
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- dep: python3-pkg-resources [ia64, sparc64 以外]
- pkg_resources を用いたパッケージ検索およびリソースアクセス
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- dep: python3-pubsub [ia64, sparc64 以外]
- Python 3 publish-subcribe library
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- dep: python3-scipy [ia64, sparc64 以外]
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-sklearn [alpha, ia64, sparc64, x32 以外]
- Python modules for machine learning and data mining - Python 3
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- dep: python3-statsmodels [ia64, sparc64 以外]
- Python3 module for the estimation of statistical models
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- dep: python3-wxgtk4.0 [ia64, sparc64 以外]
- Python 3 interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit
tnseq-transit のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 3.1.0-2 | 6,757.1 kB | 41,315.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 3.3.3-1 | 18,406.8 kB | 121,369.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 2.3.2-1 | 5,916.9 kB | 35,975.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 3.3.4-1 | 29,212.5 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 3.3.4-1 | 29,212.5 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 3.3.3-1 | 18,406.8 kB | 121,369.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 3.3.4-1 | 29,212.4 kB | 163,131.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 2.3.2-1 | 5,916.9 kB | 35,975.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 3.1.0-2 | 6,757.1 kB | 41,315.0 kB | [ファイル一覧] |