パッケージ: python3-mdanalysis (2.5.0+dfsg1-2 など)

python3-mdanalysis に関するリンク

Debian の資源:

mdanalysis ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [www.mdanalysis.org]

類似のパッケージ:

analyse molecular dynamics files and trajectories

MDAnalysis is a Python library for the analysis of computer simulations of many-body systems at the molecular scale, spanning use cases from interactions of drugs with proteins to novel materials. It is widely used in the scientific community and is written by scientists for scientists.

MDAnalysis allows one to read particle-based trajectories (including individual coordinate frames such as biomolecules in the PDB format) and access the atomic coordinates through NumPy arrays. This provides a flexible and relatively fast framework for complex analysis tasks. In addition, powerful atom selection commands are implemented. Trajectories can also be manipulated (for instance, fit to a reference structure) and written out.

It works with a wide range of popular simulation packages including Gromacs, Amber, NAMD, CHARMM, DL_Poly, HooMD, LAMMPS and many others — see the lists of supported trajectory formats and topology formats. MDAnalysis also includes widely used analysis algorithms in the MDAnalysis.analysis module.

The MDAnalysis project uses an open governance model and is fiscally sponsored by NumFOCUS.

This package installs the library for Python 3.

その他の python3-mdanalysis 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]
dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf, m68k, ppc64, ppc64el 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, ppc64el]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC 共有ライブラリ
dep: libgomp1 (>= 4.9)

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-biopython (>= 1.80)

Python3 library for bioinformatics
dep: python3-duecredit

Publications (and donations) tracer
dep: python3-fasteners

provides useful locks - Python 3.x
dep: python3-griddataformats (>= 0.4.0)

Handling volumetric data in Python
dep: python3-gsd (>= 3.0.1~)

native file format for HOOMD-blue (Python 3 module)
dep: python3-joblib (>= 0.12)

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-matplotlib (>= 1.5.1)

Python based plotting system in a style similar to Matlab (Python 3)
dep: python3-mmtf (>= 1.0.0)

binary encoding of biological structures (Python 3)
dep: python3-networkx (>= 2.0)

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0)

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-numpy-abi9

以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy
dep: python3-packaging

core utilities for python3 packages
dep: python3-scipy (>= 1.5.0)

scientific tools for Python 3
dep: python3-threadpoolctl

Python helpers for common threading libraries (BLAS, OpenMP)
dep: python3-tqdm (>= 4.43.0)

fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

rec: python3-sklearn

Python modules for machine learning and data mining - Python 3

sug: python-mdanalysis-doc

analyse molecular dynamics files and trajectories ( documentation)

python3-mdanalysis のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,150.1 kB	20,969.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,072.4 kB	19,723.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2.5.0+dfsg1-2+b1	1,991.7 kB	20,055.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2.5.0+dfsg1-2+b1	1,949.5 kB	19,075.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2.5.0+dfsg1-2+b1	1,914.8 kB	17,637.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,020.9 kB	19,882.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	2.5.0+dfsg1-2+b1	1,922.4 kB	19,195.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,002.5 kB	20,873.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,119.6 kB	21,516.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,119.5 kB	21,080.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	2.5.0+dfsg1-2+b2	2,648.4 kB	22,655.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	2.5.0+dfsg1-2+b1	2,217.4 kB	19,219.0 kB	[ファイル一覧]