パッケージ: mash (2.3+dfsg-6 など)
fast genome and metagenome distance estimation using MinHash
Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.
その他の mash 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, sparc64, x32]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.30) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
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- dep: libcapnp-0.7.0 [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]
- Cap'n Proto C++ library
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- dep: libcapnp-1.0.1 [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- Cap'n Proto C++ library
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4, sparc64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgsl25 (>= 2.6) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]
- パッケージは利用できません
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- dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
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- dep: libgslcblas0 (>= 2.6) [hppa, m68k, sh4, sparc64]
- GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
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- dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)
- Portable MurmurHash Implementation
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32]
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
mash のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 2.3+dfsg-6 | 177.9 kB | 619.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 2.3+dfsg-6 | 189.6 kB | 549.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 2.3+dfsg-6 | 166.5 kB | 489.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 2.2.2+dfsg-1+b1 | 148.4 kB | 418.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 2.2.2+dfsg-1+b1 | 141.0 kB | 423.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 2.3+dfsg-6 | 166.8 kB | 636.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 2.3+dfsg-6 | 184.8 kB | 617.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 2.3+dfsg-6 | 186.5 kB | 617.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 2.3+dfsg-6+b1 | 183.2 kB | 402.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 2.3+dfsg-6 | 185.6 kB | 545.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 2.2.2+dfsg-1+b1 | 180.6 kB | 400.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 2.2.2+dfsg-1+b1 | 123.1 kB | 421.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 2.2.2+dfsg-1+b1 | 147.1 kB | 407.0 kB | [ファイル一覧] |