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パッケージ: bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2 など)

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類似のパッケージ:

clustering and assembling short reads for bioinformatics

Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD.

Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.

その他の bio-rainbow 関連パッケージ

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アーキテクチャ バージョン パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
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arm64 2.0.4+dfsg-2 58.1 kB178.0 kB [ファイル一覧]
armel 2.0.4+dfsg-2 56.7 kB179.0 kB [ファイル一覧]
armhf 2.0.4+dfsg-2 56.0 kB143.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 63.2 kB194.0 kB [ファイル一覧]
i386 2.0.4+dfsg-2 63.9 kB203.0 kB [ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 75.4 kB311.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 56.1 kB175.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 2.0.4+dfsg-2 61.4 kB209.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 65.8 kB306.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 2.0.4+dfsg-2 65.6 kB306.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 2.0.4+dfsg-2+b2 63.0 kB163.0 kB [ファイル一覧]
s390x 2.0.4+dfsg-2 55.9 kB194.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 65.9 kB167.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 52.9 kB181.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 2.0.4+dfsg-2 59.3 kB183.0 kB [ファイル一覧]