[ ソース: cnvkit ]
パッケージ: cnvkit (0.9.10-3~0exp0)
cnvkit に関するリンク
Debian の資源:
cnvkit ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Michael R. Crusoe (QA ページ)
- Steffen Moeller (QA ページ)
- Olivier Sallou (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [cnvkit.readthedocs.org]
類似のパッケージ:
試験的な (experimental の) パッケージ
警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。
Copy number variant detection from targeted DNA sequencing
A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.
その他の cnvkit 関連パッケージ
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- dep: python3-biopython
- Python3 library for bioinformatics
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- dep: python3-matplotlib
- Python based plotting system in a style similar to Matlab
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- dep: python3-numpy
- Python library for numerical computations (Python 3)
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- dep: python3-pandas
- data structures for "relational" or "labeled" data
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- dep: python3-pomegranate
- Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling
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- dep: python3-pyfaidx
- efficient random access to fasta subsequences for Python 3
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- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: python3-reportlab
- ReportLab library to create PDF documents using Python3
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- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-sklearn
- Python modules for machine learning and data mining - Python 3
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- dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)
- R package: DNA copy number data analysis