[ ソース: prime-phylo ]
パッケージ: prime-phylo (1.0.11-7 など)
prime-phylo に関するリンク
Debian の資源:
prime-phylo ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [prime.sbc.su.se]
類似のパッケージ:
bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.
The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.
その他の prime-phylo 関連パッケージ
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- dep: libblas3
- 基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ
- または libblas.so.3
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base
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- dep: libboost-mpi1.67.0
- C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
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- dep: libboost-serialization1.67.0
- serialization library for C++
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- dep: libc6 (>= 2.23)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]
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- dep: liblapack3
- 線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版
- または liblapack.so.3
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base
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- dep: libopenmpi3
- high performance message passing library -- shared library
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libxml2 (>= 2.7.4)
- GNOME XML ライブラリ
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- dep: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- sug: mafft
- Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
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- sug: mrbayes
- Bayesian Inference of Phylogeny
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- sug: muscle
- タンパク質配列のマルチプルアライメントプログラム
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- sug: njplot
- phylogenetic tree drawing program
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- sug: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
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- sug: probalign
- multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
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- sug: python-biopython
- Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)
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- sug: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
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- sug: treeviewx
- Displays and prints phylogenetic trees