パッケージ: gmap (2019-01-24-1) [non-free]

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類似のパッケージ:

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

タグ: 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, 役割: プログラム, 目的: 解析

その他の gmap 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libbz2-1.0

高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
dep: libc6 (>= 2.14)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

圧縮ライブラリ - ランタイム

gmap のダウンロード

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アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	5,833.6 kB	52,092.0 kB	[ファイル一覧]