パッケージ: augustus (3.3.2+dfsg-2)
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- ホームページ [bioinf.uni-greifswald.de]
類似のパッケージ:
gene prediction in eukaryotic genomes
AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.
その他の augustus 関連パッケージ
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- dep: augustus-data
- data files for AUGUSTUS
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- dep: libbamtools2.5.1
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
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- dep: libbz2-1.0
- 高品質なブロックソートファイル圧縮器 - ランタイム
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- dep: libc6 (>= 2.15) [arm64 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
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- dep: libcurl3-nss (>= 7.23.1)
- 使いやすいクライアントサイドの URL 転送ライブラリ (NSS フレーバ)
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
- dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]
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- dep: libhts2 (>= 1.0)
- C library for high-throughput sequencing data formats
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- dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)
- XZ 形式の圧縮ライブラリ
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- dep: libncurses6 (>= 6)
- 端末処理用共有ライブラリ
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- dep: libssl1.1 (>= 1.1.0)
- Secure Sockets Layer ツールキット - 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 6)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: libtinfo6 (>= 6)
- 端末を扱う低レベルの terminfo 共有ライブラリ
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム