パッケージ: yaha (0.1.83-2)

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類似のパッケージ:

find split-read mappings on single-end queries

yaha is an open source, flexible, sensitive and accurate DNA aligner designed for single-end reads. It supports three major modes of operation:

 * The default “Optimal Query Coverage” (-OQC) mode reports the
   best set of alignments that cover the length of each query.
 * Using “Filter By Similarity” (-FBS), along with the best set of
   alignments, yaha will also output alignments that are highly similar
   to an alignment in the best set.
 * Finally, yaha can output all the alignments found for each query.

The -OQC and -FBS modes are specifically tuned to form split read mappings that can be used to accurately identify structural variation events (deletions, duplications, insertions or inversions) between the subject query and the reference genome.

その他の yaha 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [arm64, ppc64el 以外]
dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

yaha のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	42.6 kB	109.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	39.4 kB	101.0 kB	[ファイル一覧]
armel	35.8 kB	92.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	35.8 kB	72.0 kB	[ファイル一覧]
i386	45.9 kB	116.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	46.1 kB	129.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	45.0 kB	123.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	48.4 kB	145.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	41.2 kB	113.0 kB	[ファイル一覧]