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パッケージ: phybin (0.3-5)

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binning/clustering newick trees by topology

PhyBin is a simple command line tool that classifies a set of Newick tree files by their topology. The purpose of it is to take a large set of tree files and browse through the most common tree topologies.

It can do simple binning of identical trees or more complex clustering based on an all-to-all Robinson-Foulds distance matrix.

phybin produces output files that characterize the size and contents of each bin or cluster (including generating GraphViz-based visual representations of the tree topologies).

その他の phybin 関連パッケージ

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アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 1,537.4 kB11,602.0 kB [ファイル一覧]
arm64 1,926.3 kB14,579.0 kB [ファイル一覧]
armel 1,799.7 kB12,190.0 kB [ファイル一覧]
armhf 1,807.4 kB12,158.0 kB [ファイル一覧]
i386 1,586.5 kB9,347.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 5,155.1 kB56,961.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 3,415.4 kB38,965.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 3,395.8 kB37,296.0 kB [ファイル一覧]
s390x 7,441.9 kB52,929.0 kB [ファイル一覧]