パッケージ: mummer (3.23+dfsg-7)

mummer に関するリンク

Debian の資源:

mummer ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [mummer.sourceforge.net]

類似のパッケージ:

遺伝子全体の効率的な配列アライメント

MUMmer は完全な形式又はドラフトの形式かどうかにかかわらず、遺伝子全体を高速にアライメントするためのシステムです。例えば、MUMmer 3.0 は 2.4 GHz CPU を搭載した Linux デスクトップコンピュータ上で 78 MB のメモリを使って 5 メガバイトのゲノムの対から 20 basepair 又はより長い完全マッチングを全て 13.7 秒で発見できます。 MUMmer は不完全なゲノムもアライメントできます; shotgun アライメントプロジェクト由来の 100 個又は 1000 個の contig を簡単に処理でき、それらを他の contig やシステムに含まれる NUCmer プログラムを使った遺伝子にアライメントできます。種が DNA 配置アライメントには分散しすぎて類似性を見つけられない場合、PROmer プログラムは両者の入力配列の 6 フレーム変換に基づき配列を生成できます。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, works-with-format::TODO, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

その他の mummer 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: gawk

GNU awk - パターン検索 & 処理言語
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

mummer のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	648.7 kB	3,321.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	625.1 kB	3,153.0 kB	[ファイル一覧]
armel	617.5 kB	3,092.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	614.6 kB	2,868.0 kB	[ファイル一覧]
i386	654.1 kB	3,304.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	655.4 kB	3,535.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	652.7 kB	3,360.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	659.9 kB	4,086.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	628.2 kB	3,309.0 kB	[ファイル一覧]