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パッケージ: glam2 (1064-9)

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gapped protein motifs from unaligned sequences

GLAM2 is a software package for finding motifs in sequences, typically amino-acid or nucleotide sequences. A motif is a re-occurring sequence pattern: typical examples are the TATA box and the CAAX prenylation motif. The main innovation of GLAM2 is that it allows insertions and deletions in motifs.

This package includes programs for discovering motifs shared by a set of sequences and finding matches to these motifs in a sequence database, as well as utilities for converting glam2 motifs to standard alignment formats, masking glam2 motifs out of sequences so that weaker motifs can be found, and removing highly similar members of a set of sequences.

The package includes these programs:

 glam2:       discovering motifs shared by a set of sequences;
 glam2scan:   finding matches, in a sequence database, to a motif discovered
              by glam2;
 glam2format: converting glam2 motifs to  standard alignment formats;
 glam2mask:   masking glam2 motifs out of sequences, so that weaker motifs
              can be found;
 glam2-purge: removing highly similar members of a set of sequences.

In this binary package, the fast Fourier algorithm (FFT) was enabled for the glam2 program.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, use::comparing, 検索, サポート形式: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

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アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 230.0 kB507.0 kB [ファイル一覧]
arm64 222.7 kB491.0 kB [ファイル一覧]
armel 216.8 kB474.0 kB [ファイル一覧]
armhf 214.4 kB402.0 kB [ファイル一覧]
i386 233.3 kB518.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 227.4 kB543.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 226.3 kB513.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 242.6 kB763.0 kB [ファイル一覧]
s390x 226.3 kB515.0 kB [ファイル一覧]