パッケージ: ea-utils (1.1.2+dfsg-6)

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外部の資源:

ホームページ [expressionanalysis.github.io]

類似のパッケージ:

command-line tools for processing biological sequencing data

Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.

Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with any FASTQs.

Main Tools are:

 * fastq-mcf

Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold, determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does skewing detection and quality filtering.

 * fastq-multx

Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.

 * fastq-join

Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for anchored alignment" as other tools.

 * varcall

Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner than some other tools.

その他の ea-utils 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armhf, i386, mipsel 以外]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]
dep: libgsl25 (>= 2.6)

GNU Scientific Library (GSL) -- library package
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: r-base-core

GNU R core of statistical computation and graphics system
dep: r-cran-formula

GNU R package for extended model formulas
dep: r-cran-getopt

GNU R package providing command-line parsing functionality
dep: r-cran-ggplot2

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-hmisc

GNU R miscellaneous functions by Frank Harrell
dep: r-cran-lattice

'Trellis' グラフィック用 GNU R パッケージ
dep: r-cran-survival

生存率解析用 GNU R パッケージ
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

圧縮ライブラリ - ランタイム

rec: med-config (>= 2.1)

Debian Med general config package

ea-utils のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	214.0 kB	740.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	149.9 kB	532.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	146.2 kB	417.0 kB	[ファイル一覧]
i386	226.0 kB	749.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	214.6 kB	853.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	216.7 kB	809.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	176.9 kB	916.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	151.2 kB	580.0 kB	[ファイル一覧]