[ ソース: shasta ]
パッケージ: python3-shasta (0.11.1-1 など)
python3-shasta に関するリンク
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メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
nanopore whole genome assembly (dynamic library)
De novo assembly from Oxford Nanopore reads. The goal of the Shasta long read assembler is to rapidly produce accurate assembled sequence using as input DNA reads generated by Oxford Nanopore flow cells.
Computational methods used by the Shasta assembler include:
* Using a run-length representation of the read sequence. This makes the assembly process more resilient to errors in homopolymer repeat counts, which are the most common type of errors in Oxford Nanopore reads.
* Using in some phases of the computation a representation of the read sequence based on markers, a fixed subset of short k-mers (k ≈ 10).
Shasta assembly quality is comparable or better than assembly quality achieved by other long read assemblers.
This package contains the dynamic library that can be interfaced and imported within Python.
その他の python3-shasta 関連パッケージ
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- dep: libblas3
- 基本線形代数のリファレンス実装 - 共有ライブラリ
- または libblas.so.3
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)
- C++ 用プログラムオプションライブラリ
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
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- dep: liblapack3
- 線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版
- または liblapack.so.3
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)
- PNG ライブラリ - ランタイム (バージョン 1.6)
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- dep: libpython3.11 (>= 3.11.0)
- Python 共有ランタイムライブラリ (バージョン 3.11)
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- dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5) [amd64]
- SIMD partial order alignment library
- dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.8) [arm64]
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
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- dep: python3 (<< 3.12)
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
- dep: python3 (>= 3.11~)