[ ソース: mummer ]
パッケージ: mummer (3.23+dfsg-8)
mummer に関するリンク
Debian の資源:
mummer ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Steffen Moeller (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Charles Plessy (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [mummer.sourceforge.net]
類似のパッケージ:
遺伝子全体の効率的な配列アライメント
MUMmer は完全な形式又はドラフトの形式かどうかにかかわらず、遺伝子全体を高速に アライメントするためのシステムです。例えば、MUMmer 3.0 は 2.4 GHz CPU を搭載した Linux デスクトップコンピュータ上で 78 MB のメモリを使って 5 メガバイトの ゲノムの対から 20 basepair 又はより長い完全マッチングを全て 13.7 秒で発見できます。 MUMmer は不完全なゲノムもアライメントできます; shotgun アライメントプロジェクト 由来の 100 個又は 1000 個の contig を簡単に処理でき、それらを他の contig や システムに含まれる NUCmer プログラムを使った遺伝子にアライメントできます。 種が DNA 配置アライメントには分散しすぎて類似性を見つけられない場合、PROmer プログラムは両者の入力配列の 6 フレーム変換に基づき配列を生成できます。
その他の mummer 関連パッケージ
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- dep: gawk
- GNU awk - パターン検索 & 処理言語
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語