Package: r-bioc-purecn (2.10.0+dfsg-1)

Links for r-bioc-purecn

Debian Resources:

Download Source Package r-bioc-purecn:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [bioconductor.org]

Similar packages:

copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing

This package estimates tumor purity, copy number, and loss of heterozygosity (LOH), and classifies single nucleotide variants (SNVs) by somatic status and clonality. PureCN is designed for targeted short read sequencing data, integrates well with standard somatic variant detection and copy number pipelines, and has support for tumor samples without matching normal samples.

Other Packages Related to r-bioc-purecn

depends

recommends

suggests

enhances

dep: r-api-4.0

virtual package provided by r-base-core
dep: r-api-bioc-3.19

virtual package provided by r-bioc-biocgenerics
dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

funzioni base per Bioconductor
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

funzioni generiche per Bioconductor
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche
dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

R package: DNA copy number data analysis
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi
dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor
dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.1)

contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R
dep: r-bioc-rhdf5 (>= 2.48.0)

interfaccia tra BioConductor HDF5 e R
dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R
dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

implementazione di vettori e liste per BioConductor S4
dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

BioConductor assay container
dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

annotazione di varianti genetiche per BioConductor
dep: r-cran-data.table

estensione GNU R di data.frame
dep: r-cran-futile.logger

utilità di log per GNU R
dep: r-cran-ggplot2

implementazione di Grammar of Graphics
dep: r-cran-gridextra

pacchetto GNU R con estensioni per il pacchetto grid
dep: r-cran-matrix

pacchetto GNU R di classi per matrici dense e sparse
dep: r-cran-mclust

Gaussian Mixture Modelling for Model-Based Clustering
dep: r-cran-rcolorbrewer

pacchetto GNU R che fornisce tavolozze adeguate di colori
dep: r-cran-vgam

pacchetto GNU R per stimare vettori dei modelli additivi generalizzati

sug: r-bioc-biocparallel

funzionalità BioConductor per valutazione parallela
sug: r-bioc-biocstyle

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-org.hs.eg.db

annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo
sug: r-cran-covr

test della copertura per pacchetti GNU R
sug: r-cran-jsonlite

Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R
sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-markdown

GNU R package providing R bindings to the Sundown Markdown rendering library
sug: r-cran-optparse

analizzatore delle opzioni della riga di comando di GNU/R
sug: r-cran-pscbs

R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers
sug: r-cran-r.utils

varie utilità di programmazione GNU R
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

suite di test di GNU R

Download r-bioc-purecn

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	5,883.4 kB	6,925.0 kB	[list of files]