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Package: concavity (0.1+dfsg.1-4)

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predizione dei siti di legame di proteine con ligandi da struttura e conservazione

ConCavity predice i siti di legame delle proteine con ligandi combinando conservazione evolutiva della sequenza e struttura 3D.

ConCavity accetta come input la struttura di una proteina in formato PDB e opzionalmente file che caratterizzano la conservazione evolutiva della sequenza delle catene nel file di struttura.

I seguenti file di risultato sono prodotti in maniera predefinita:

 * predizioni dei residui di legame con ligandi per ciascuna catena
   (*.scores);
 * predizioni dei residui di legame con ligandi in un file in formato PDB
   (punteggi dei residui inseriti nel campo del fattore temp.,
   *_residue.pdb);
 * predizioni delle posizioni delle tasche in un file in formato DX (*.dx);
 * script PyMOL per visualizzare le predizioni (*.pml).

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