Paquet : ska (1.0+dfsg-4)

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Paquets similaires :

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Autres paquets associés à ska

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

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Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	143,9 ko	451,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	121,9 ko	415,0 ko	[liste des fichiers]
armel	119,9 ko	394,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	124,9 ko	314,0 ko	[liste des fichiers]
i386	149,6 ko	482,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	125,3 ko	514,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	138,4 ko	543,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	140,4 ko	363,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	142,4 ko	463,0 ko	[liste des fichiers]