Paquet : reapr (1.0.18+dfsg-6)

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Paquets similaires :

outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

REAPR est un outil pour évaluer la précision d’un assemblage génomique en utilisant des lectures de séquences appariées cartographiées, sans utiliser un génome de référence pour la comparaison. Il peut être utilisé à n’importe quel stade d’une tuyauterie d’assemblage pour casser automatiquement les échafaudages incorrects et signaler d’autres erreurs dans un assemblage pour une inspection manuelle. Il rapporte les mauvais assemblages et autres avertissements, et produit un nouvel assemblage interrompu se basant sur les appels d’erreur.

Ce logiciel demande en entrée un assemblage au format FASTA et des lectures de séquences appariées cartographiées pour un assemblage dans un fichier BAM. Les informations de cartographie, telles que la couverture de fragment et la distribution de tailles d’insertions sont analysées pour localiser les mauvais assemblages. REAPR fonctionne mieux avec des paires de lectures cartographiées à partir d’une grande bibliothèque d’insertions (au moins mille paires de bases). De plus, si une courte bibliothèque Illumina d’insertions est disponible, REAPR peut la combiner avec une grande bibliothèque d’insertions pour évaluer chaque base de l’assemblage.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à reapr

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: bamtools

boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libfile-copy-link-perl

Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

C++ wrapper to tabix indexer
dep: r-base

système de calcul statistique et de graphique GNU R
dep: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
dep: smalt

Sequence Mapping and Alignment Tool
dep: snpomatic

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »
dep: tabix

indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	202,3 ko	1 069,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	176,0 ko	1 221,0 ko	[liste des fichiers]
armel	168,9 ko	847,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	170,8 ko	643,0 ko	[liste des fichiers]
i386	208,9 ko	1 035,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	187,0 ko	1 642,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	195,4 ko	1 669,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	189,9 ko	1 001,0 ko	[liste des fichiers]