Paquet : hisat2 (2.2.1-5)

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Paquets similaires :

graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).

Autres paquets associés à hisat2

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

rec: bcftools

appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF
rec: python3-hisat2

Python scripts accompanying hisat2
rec: samtools

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Télécharger hisat2

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	3 582,5 ko	14 058,0 ko	[liste des fichiers]