Paquet : hhsuite (3.3.0+ds-8 et autres)

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Paquets similaires :

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

HH-suite est un logiciel au code source ouvert pour la recherche de séquences de protéines basé sur l’alignement par paire de modèles de Markov cachés (HMM).

Ce paquet fournit HHsearch et HHblits parmi d’autres programmes et utilitaires.

HHsearch prend en entrée un alignement de plusieurs séquences (MSA) ou de HMM de profil et recherche dans une base de données d’HMM (par exemple, PDB, Pfam ou InterPro) pour des protéines homologues. HHsearch est souvent utilisé pour la prédiction de structure de protéines pour détecter des modèles homologues et pour construire des alignements par paire précis de modèle de requête pour la modélisation d’homologie.

HHblits peut construire des MSA de haute qualité à partir d’une seule séquence ou de plusieurs. Il les transforme en HMM de requête et, en utilisant une stratégie de requêtes itératives, ajoute des séquences significativement semblables de la recherche précédente pour l’HMM de requête mis à jour pour la prochaine itération de recherche. Comparé à PSI-BLAST, HHblits est plus rapide, jusqu’à deux fois plus sensible et produit des alignements plus précis.

Autres paquets associés à hhsuite

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-8)

recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM – données
dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 14)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: perl

langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

Télécharger hhsuite

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	3.3.0+ds-8+b1	10 358,5 ko	80 055,0 ko	[liste des fichiers]