Paquet : fasttree (2.1.11-2)

arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

Le paquet FastTree déduit les arbres phylogénétiques de probabilité approximativement maximale des alignements de nucléotides ou des séquences de protéines. Il manipule des alignements jusqu'à un million de séquences en une quantité de temps et de mémoire raisonnable. Pour de grands alignements, le paquet FastTree est 100 à 1000 fois plus rapide que la version 3.0 du paquet PhyML ou la version 7 du paquet RAxML.

Le paquet FastTree est plus précis que la version 3 du paquet PhyML avec des paramètres par défaut, et bien plus précis que les méthodes de matrices de distances qui sont traditionnellement utilisées pour de grands alignements. Le paquet FastTree utilise les modèles de Jukes-Cantor (1969) ou « Generalized Time Reversible » (GTR . Simon Tavaré , 1986) de l'évolution de nucléotides et le modèle de Jones, Taylor and Thornton (1992) de l'évolution des acides aminés. Pour tenir compte des taux variants de l'évolution à travers les sites, FastTree utilise un taux unique de chaque site (l'approximation CAT). Pour estimer rapidement la fiabilité de chaque scission dans l'arbre, le paquet FastTree calcule les valeurs d'appui avec le test de Shimodaira-Hasegawa (1999 ; Ces valeurs d'appui sont les mêmes que « les appuis locaux de type Shimodaira-Hasegawa » de la version 3 du paquet PhyML.)

Ce paquet contient une version à processus en série (fasttree) et une version à processus en parallèle qui utilise OpenMP (fasttreMP).

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