Paquet : glam2 (1064-9)

motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

Glam2 est un paquet pour trouver des motifs dans les séquences, typiquement les séquences d'acides aminés ou de nucléotides. Un motif est un motif de séquence qui se reproduit : les exemples typiques sont la boîte TATA et le motif de prénylation CaaX. La principale innovation de glam2 est qu'il permet les insertions et les suppressions dans les motifs.

Ce paquet fournit des programmes pour découvrir les motifs partagés par un ensemble de séquences et trouver des correspondances à ces motifs dans une base de données de séquences, ainsi que des utilitaires pour convertir les motifs de glam2 en formats d’alignement standard, masquant les motifs de glam2 dans des séquences de façon que des motifs moindres puissent être trouvés et en retirant des portions hautement similaires d’un ensemble de séquences.

Le paquet inclut les logiciels suivants :

 — glam2 :découvrir les motifs partagés par un jeu de séquences ;
 — glam2scan : trouver des correspondances, dans une base de données de
    séquences, pour un motif découvert par glam2 ;
 — glam2format : conversion des motifs avec glam2 aux formats d'alignement
    standard ;
 — glam2mask : masquage des motifs de séquences avec glam2, de sorte que
    les motifs plus faibles peuvent être trouvés ;
 — glam2-purge : suppression de membres très similaires d'un ensemble de
    séquences.

Dans ce paquet, la transformée de Fourier rapide (FFT) a été activée pour glam2.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Recherche, Format pris en charge: works-with-format::TODO, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

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