Paquet : fastlink (4.1P-fix100+dfsg-5)

version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

L'analyse de généalogie génétique est une technique statistique utilisée pour cartographier les gènes et trouver une approximation de l'emplacement de gènes malades. C'était un paquet logiciel standard pour la généalogie génétique appelée LINKAGE. FASTLINK est une version significativement modifiée et améliorée des programmes principaux de LINKAGE qui fonctionne plus rapidement de manière séquentielle, peut fonctionner en parallèle, permet à l'utilisateur une bonne récupération après un plantage de l'ordinateur et fournit une documentation nouvelle et abondante. FASTLINK a été utilisé dans plus de 1000 publications de généalogie génétique.

Ce paquet contient les programmes suivants :

 – ilink :    procédure d'optimisation GEMINI pour trouver une valeur
              optimale locale du vecteur thêta des fractions de
              recombinaison ;
 – linkmap :  calcul les scores de localisation d'un « locus » sur une
              carte déterminée d'autres « loci » ;
 – lodscore : comparaison des vraisemblances à un thêta optimum local ;
 – mlink :    calcul des « LOD score » et le risque avec deux « loci »
              et plus ;
 – unknown :  identification des génotypes possibles pour des inconnus.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

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